Com a comunicação automática a factura é comunicada à AT assim que é concluída?

Sim. Logo após a emissão da factura a comunicação à Autoridade Tributária é feita no mesmo instante.

Com a comunicação automática fica gravado no rodapé da factura a seguinte menção "documento comunicação à Autoridade Tributária em aaaa-mm-dd hh:mm:ss".